L'isola ha una superficie di 3 km² e la cima più alta, il monte Zucchero, raggiunge una quota di 101 m. Per superficie è la quarta isola dell'arcipelago ed è situata a metà strada fra Palau e La Maddalena da cui dista circa 1500 metri.
Di formazione granitica di colore rosa e bianco, si affaccia su un mare color smeraldo, specie sul versante meridionale prospiciente capo d'Orso.
Nella parte alta dell'isola sorge il forte San Giorgio, costruito nel 1773. Il forte è chiamato comunemente "forte di Napoleone" in quanto, durante l'attacco all'arcipelago del 23 febbraio 1793, l'allora tenente colonnello di artiglieria Napoleone Bonaparte, se ne impossessò e da lì bersagliò il centro di La Maddalena, ma fu costretto a fuggire dalla pronta manovra di Domenico Millelire.
Nella cala di Villamarina, in una vecchia cava di granito abbandonata, si può vedere il busto di un'enorme statua incompiuta di Costanzo Ciano, commissionata da Mussolini allo scultore Arturo Dazzi per il mausoleo dello stesso Ciano presso Livorno. Dopo la dismissione della base della Marina Militare americana una parte dell'isola è in attesa di un progetto di valorizzazione. Il resto di Santo Stefano, frequentata solo dai turisti ospiti delle strutture ricettive, fa pensare per la sua integrità a come dovesse essere l’arcipelago maddalenino prima della sua "scoperta turistica". Nell'isola di Santo Stefano si trovano numerose erosioni a tafoni nelle quali l'uomo ha trovato riparo sin dall’epoca neolitica .
Nella cala di Villamarina, in una vecchia cava di granito abbandonata, si può vedere il busto di un'enorme statua incompiuta di Costanzo Ciano, commissionata da Mussolini allo scultore Arturo Dazzi per il mausoleo dello stesso Ciano presso Livorno. Dopo la dismissione della base della Marina Militare americana una parte dell'isola è in attesa di un progetto di valorizzazione. Il resto di Santo Stefano, frequentata solo dai turisti ospiti delle strutture ricettive, fa pensare per la sua integrità a come dovesse essere l’arcipelago maddalenino prima della sua "scoperta turistica". Nell'isola di Santo Stefano si trovano numerose erosioni a tafoni nelle quali l'uomo ha trovato riparo sin dall’epoca neolitica .
